La recherche du Pr Séguin vise d’abord à décrire le développement des troubles extériorisés et autres troubles de l'autorégulation, à tenter de l’expliquer, et à identifier des pistes de prévention et d’intervention. Les résultats de la recherche peuvent ainsi alimenter la réflexion entourant les pratiques parentales et cliniques dans la communauté, en plus de soutenir les autres chercheuses et chercheurs qui visent à établir les meilleures pratiques à l’aide de données probantes.
Les travaux de recherche de Jean Séguin portent surtout sur les aspects cognitifs et émotifs de la santé mentale et de l’utilisation de substances.
Ses travaux de doctorat (Université McGill, 1995) portaient essentiellement sur les aspects neuropsychologiques de l'agression physique. Les travaux subséquents ont élargi la base conceptuelle de ses recherches pour inclure d’autres troubles extériorisés et intériorisés, tels que la dépression et l’anxiété et les comportements et idées suicidaires. Une étude longitudinale débutant à la naissance en 1996 lui a permis d'examiner les premières années du développement des troubles extériorisés et autres troubles de l'autorégulation du point de vue du développement cognitif. Une des hypothèses importantes de ces travaux propose que les troubles extériorisés ne sont pas tant le résultat de l'apprentissage (par exemple, on n’apprend pas nécessairement à être agressif) qu'un manque d’apprentissage de l'autorégulation (on n’apprend pas à ne pas être agressif). L'autorégulation serait donc acquise en cours de développement mais en interaction avec l’environnement psychosocial, la famille, les enseignants, les pairs. La recherche porte également sur les bases physiologiques, génétiques et environnementales de ce manque d’apprentissage. Une seconde étude longitudinale démarrée en 2009 durant la grossesse permet de remonter encore plus tôt dans le développement des enfants et de mieux comprendre le rôle du stress lors des grandes transitions et de la puberté.
L'origine vient-il d'événements périnataux? Réside-t-il plutôt dans les pratiques parentales? L'enfant fait-il face à des limites intellectuelles, voire neurodéveloppementales? Le tempérament de l'enfant est-il difficile à régulariser? Ces facteurs sont-ils combinés entre eux? Dans quels contextes les difficultés se manifestent-elles? Quels sont les mécanismes protecteurs? Quelle est la spécificité de la correspondance des problèmes d'autorégulation aux troubles de comportement? Est-ce que des interventions précoces visant à soutenir les parents d'enfants à risque peuvent avoir un impact sur le développement de l'auto-régulation? Le suivi et l’analyse de ces deux études sont toujours au centre des activités du Labo DePSA (Développement, prévenir, et s’adapter) fondé en 2010 avec deux collègues spécialistes de la psychoéducation et de la prévention.
Dix équipes de recherche du CHU Sainte-Justine ont obtenu un financement dans le cadre du concours d'automne 2024
Une étude révèle que les pratiques parentales négatives durant l’enfance ont des conséquences à long terme sur le cerveau en développement des enfants.