Chercheur

    Martin Smith , Ph.D. , M.Sc.

    martin.smith@recherche-ste-justine.qc.ca
    Martin Smith
    Axe de recherche
    Maladies immunitaires et cancers
    Adresse
    CHUSJ - Centre de Recherche Bureau 6.17.026

    Téléphone
    514 345-4931 2544

    Sur le Web

    Titres

    • Professeur-chercheur adjoint, Département de biochimie et médecine moléculaire, Faculté de médecine, Université de Montréal

    Formation

    • PhD en génomique et biologie computationnelle, Institut pour les biosciences moléculaires, Université du Queensland, Australie
    • MSc en bio-informatique, Université de Montréal, Canada
    • BSc en sciences biologiques (profil microbiologie and immunologie), Université de Montréal, Canada

    Intérêts de recherche

    Je m’intéresse à l’étude de la biologie des génomes et des mécanismes de régulation de l’activité génique.

    Ma recherche porte principalement sur la caractérisation et le profilage transcriptomique en combinant le développement d’outils bio-informatiques au séquençage unimoléculaire en temps réel.

    Un des principaux objectifs de mon laboratoire consiste à traduire les plus récentes technologies génomiques en nouvelles applications de recherche clinique.

    Sommaire de carrière

    Après avoir obtenu mon diplôme en microbiologie et en immunologie de l’Université de Montréal, j’ai fait une maîtrise en bio-informatique qui portait sur l’étude des séquences régulatrices dans les génomes de parasites protozoaires. J’ai ensuite fait un doctorat à l’Université du Queensland en Australie.

    Mes travaux ont porté sur l’utilisation d’outils de bio-informatique et de génomique comparative pour détecter des structures secondaires d’ARN conservées dans le génome humain au cours de l’évolution dans le but de faciliter la caractérisation des longs ARN non codants.

    Ma formation postdoctorale s’est poursuivie au Garvan Institute of Medical Research à Sydney (Australie). J’y ai travaillé sur le développement d’algorithmes et de chaînes de traitement de données pour l’analyse transcriptomique grâce à diverses technologies de séquençage d’ARN à haut débit.

    C’est ainsi que j’ai découvert le séquençage par nanopores. Ma recherche s’est concentrée sur cette plateforme technologique en tant que directeur du programme de technologies génomiques au Centre Kinghorn de Génomique Clinique à l’Institut Garvan en 2017.

    Prix et distinctions

    • Prix de performance du pré-incubateur d’entreprises CSIRO OnPrime
      Prix d’innovation Palmer Foundation
    • Premier à séquencer une mégabase d’ADN contiguë
      Finaliste de la compétition de démarrage d’entreprise MedTech’s Got Talent
    • Bourse de voyage de l’Association Brésilienne de Bio-informatique et de Biologie Computationelle
    • Bourse de voyage Heliflite Young Explorer
    • Bourse d’études UQRS de l’Université du Queensland et IPRS du gouvernement australien.
    • Meilleure affiche niveau Maîtrise, Colloque de bio-informatique Robert Cedergren
      Prix de performance, Faculté des Arts et Sciences, Université de Montréal

    Présentations

    • « Dissecting RNA Biology, one molecule at a time »
      London Calling Nanopore Conference, London, UK
      Long Read Conference, Dunedin, New-Zealand
    • « Targeted Long-read Single Cell Sequencing of Tumour and Immune Cells »
      Nanopore Community Meeting, San Francisco, USA
      « Massively multiplexed targeted long-read single cell sequencing for deep phenotyping of tumour and immune cell repertoires »
      QMB Cancer, Queenstown, New-Zealand 2018
    • « Mapping recurring RNA structures to navigate the uncharted genome »
      Computational RNA Biology, Wellcome Trust, Hinxton, UK

    Publications choisies

    PubMed

    • Liu H, Begik O, Lucas MC, Mason CE, Schwartz S, Mattick JS, Smith MA, Novoa EM. Accurate detection of m6A RNA modifications in native RNA sequences. Nature Communications 10(1):4079 2019
    • Ferguson JM, Smith MA. SquiggleKit: A toolkit for manipulating nanopore signal data. Bioinformatics btz586 2019
    • Singh M*, Al-Eryani G*, Carswell S, Ferguson JM, Blackburn J, Barton K, Roden D, Luciani F, Phan T, Junankar S, Jackson K, Goodnow CC*, Smith MA*, Swarbrick A*. High-throughput targeted long-read single cell sequencing reveals the clonal and transcriptional landscape of lymphocytes. Nature Communications 10(1):3120 2019
    • Hardwick SA*, Bassett SD*, Kaczorowski D, Blackburn J, Barton K, Bartonicek N, Carswell SL, Tilgner HU, Loy C, Halliday G, Mercer TR, Smith MA*, Mattick JS*. Targeted, high-resolution RNA sequencing of non-coding genomic regions associated with neuropsychiatric functions. Frontiers in Genetics 10:309 2019
    • Deveson IW, Madala BS, Blackburn J, Barker C, Wong T, Barton KM, Smith MA, Watkins ND, Mercer TR. Chiral DNA sequences as commutable reference standards for clinical genomics. Nature Communications 10(1):1342 2019
    • Gamaarachchi H, Parameswaran S, Smith MA. Featherweight long read alignment using partitioned reference indexes. Scientific Reports, 9(1):4318 2019
    • Smith MA*, Seemann SE*, Quek XC, Mattick JS. DotAligner: identification and clustering of RNA structure motifs. Genome Biology 18(1):244 2017
    • Lu Z, Qiangfeng CZ, Lee B, Smith MA, Robinson J, Davidovich C, Gooding AR, Goodrich K, Mattick JS, Mesirov JP, Cech T, Chang HY. RNA duplex map in living cells reveals higher order transcriptome structure. Cell 165(5):1267-1279 2016
    • Smith MA, Gesell T, Stadler PF, Mattick JS. Widespread purifying selection for RNA structure in mammals. Nucleic Acids Res 41(17):8220-36 2013
 

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