Le Centre de recherche du CHU Sainte-Justine est affilié à l’Université de Montréal, laquelle figure au 3e rang des universités canadiennes les plus dynamiques en recherche et accueille le deuxième corps étudiant en importance au pays. Les chercheurs du centre y sont professeurs à la Faculté de médecine, à la Faculté de médecine vétérinaire et à la Faculté des arts et sciences.
Certains sont aussi professeurs à Polytechnique Montréal, l’un des plus importants établissements d’enseignement et de recherche en génie au Canada. D’autres enseignent à l’Université du Québec, qui fait partie d’un réseau de 10 établissements universitaires répartis partout au Québec.