Ses intérêts de recherche portent sur la thérapie génique in utero, plus particulièrement sur les réponses immunologiques suite à une présentation de vecteurs viraux durant la période préimmune. Peut-on introduire un état de tolérance à ces même vecteurs qui permettent une réadministration en postnatal ? Dre Bouchard s'intéresse aussi à la correction de maladies métaboliques chez la souris transgénique par l'administration de vecteurs viraux en anténatal. D'autres sujets de recherche sur la chirurgie foetale d'un point de vue technique seront aussi à développer sur de plus gros modèles animaux.