Chercheuse ou chercheur

Titres

• Professeur-chercheur, Faculté de médecine, Département de biochimie et de médecine moléculaire, Université de Montréal, 2018
• Directeur, Plateformes numériques, Génome Québec, 2018
• Chercheur associé, Ontario Institute for Cancer Research, 2018

• Postdoctorat, Centre de recherches mathématiques, Université de Montréal, 1997
• Ph.D. en mathématiques, Université de Montréal, 1994
• M.Sc. en mathématiques, Université de Montréal, 1989

Mes intérêts de recherche sont axés sur le développement de méthodes et de logiciels d’analyse bioinformatique du génome visant à identifier et caractériser les variations génétiques responsables des maladies. Mon équipe de bioinformaticiens et d’ingénieurs logiciels applique des technologies de l’information moderne d’analyse des données massives à la recherche en génomique. Elle développe des outils logiciels avancés de traitement, recherche et visualisation à grande échelle des données génomiques dans des environnements de calcul info-nuagiques. Nous travaillons notamment sur la construction de plusieurs projets d’infrastructures de recherche et cliniques dont celles du NIH Gabriella Miller Kids First Data Resource Center, le Centre québécois de données génomiques et le Centre québécois de génomique clinique.

• Génomique
• Bioinformatique
• Cancer
• Harmonisation des données
• Données massives
• Dévelopement logiciel

Sommaire de carrière

Avant de se joindre à Sainte-Justine, Vincent Ferretti était chercheur principal et directeur de la  génomique informatique, au Ontario Institute for Cancer Research (OICR) à Toronto. C’est à ce titre qu’il a participé à de nombreux projets internationaux d’envergure en génomique du cancer. Il a notamment dirigé le développement des infrastructures de l'International Cancer Genome Consortium (ICGC), le NCI Genomic Data Commons, le Cancer Genome Collaboratory et NIH Gabriella Miller Kids First Data Resource Portal. Vincent Ferretti a également dirigé des travaux de recherche sur l’implication des virus dans l’étiologie du cancer. Durant cette même période, Dr Ferretti était co-directeur du programme Maelstrom-Reseach en épidémiologie de l’Institut de recherche du Centre de santé de l’université Mcgill. Avant de se joindre à OICR, Vincent Ferretti était directeur de la bio-informatique au Centre d’innovation de Génome Québec et Université McGill.

Financements majeurs

• The Gabriella Miller Kids First Pediatric Data Resource Center, National Institute for Health, 2017-2022
• Centre québecois de données génomiques, Génome Québec, 2019-2020
• Cancer Genome Collaboratory, Canadian Funds for Infrastructure, 2018-2021

Présentations

• Ferretti V. The ICGC ARGO Data Management Infrastructure. 14th ICGC Scientific Workshop. Paris, France, May 16th, 2018
• Ferretti V. The ICGC-ARGO project. The GA4GH 5th Plenary Meeting, Orlando, USA, October 16th, 2017
• Ferretti V. The Cancer Genome Collaboratory, Health Research Alliance Big Data Sharing Meeting, Chicago, USA, September 19th, 2017

Publications

• Zhang. J, Bajari R, Andric D, Gerthoffert F., Lepsa A., Nahal-Bose H, Stein L. D., Ferretti V. The International Cancer Genome Consortium Data Portal, Nature Biotechnology, March 2019,  DOI: 10.1038/s41587-019-0055-9
• Bergeron J, Doiron D, Marcon Y, Ferretti V, Fortier I. Fostering population-based cohort data discovery: The Maelstrom Research cataloguing toolkit. 2018, PLOS ONE 13(7): e0200926.
• Doiron D, Maron Y, Fortier I, Burton P, Ferretti V, The OBiBa software suite: an open-source solution for epidemiological data management, harmonization and dissemination. International Journal of Epidemiology. September 6, 2017, doi:10.1093/ije/dyx180
• Jensen MA, Ferretti V, Grossman RL, and Staudt LM, The NCI Genomic Data Commons as an engine for precision medicine, Blood, 2017. blood-2017-03-735654; doi: 10.1182/blood-2017-03-735654
• Borozan I, Frappier L, Ferretti V, Analysis of Epstein-Barr Virus Genomes and Expression Profiles in Gastric Adenocarcinoma, Journal of Virology,  JVI.01239-17, 2017.