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Centre de recherche
mercredi 20 mars 2019

Nouveau portail de données massives sur le cancer

Un article du professeur Vincent Ferretti, PhD, chercheur au CHU Sainte-Justine, publié dans la revue Nature Biotechnology, présente le portail de données massives de l’International Cancer Genome Consortium (ICGC), qui regroupe les données de 84 projets de recherche sur le cancer représentant collectivement les données moléculaires de plus de 24 000 donneurs et environ 77 millions de mutations somatiques. Hébergé sur le site web dcc.icgc.org, le portail facilitera grandement l’analyse de données volumineuses pour mener à de nouvelles découvertes et connaissances scientifiques dans le domaine du cancer.

Malgré le volume de données important, les requêtes complexes couvrant l'ensemble du jeu de données sont complétées bien en dessous de 1 seconde. Pour atteindre ce niveau d’évolutivité, l’équipe du Pr Ferretti a utilisé pour la première fois dans le domaine des portails de données génomiques une multitude de technologies «Big Data» innovantes. Ces technologies permettent de croiser et d’indexer les données au niveau du projet, du type de données, du gène et des variants, et permettent une interface rapide, puissante et informative qui accélère les nouvelles découvertes et connaissances.

L’article présente le portail de données de l’ICGC et décrit à la fois la fonctionnalité et les technologies «Big Data» sous-jacentes qui le rendent si unique. Le Pr Ferretti a utilisé des approches similaires pour développer les portails NCI Genomic Data Commons et NIH Kids First data. Au CHU Sainte-Justine, son équipe et lui poursuivront cette stratégie afin de créer des portails pour deux projets de grande envergure en génomique, soit le Centre québécois de génomique clinique et le Centre québécois de données génomiques.

Source
CHU Sainte-Justine
Renseignements

Communications, Centre de recherche du CHU Sainte-Justine
communications@recherche-ste-justine.qc.ca

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Mise à jour le 1 avril 2019
Créée le 20 mars 2019
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