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Centre de recherche
mardi 7 décembre 2021
Communiqué de presse

COVID-19 : une équipe de recherche au front dans la chasse aux variants

MONTRÉAL, le 7 décembre 2021 – Une nouvelle étude dirigée par le professeur Martin A. Smith du CHU Sainte-Justine et de l’Université de Montréal et dont les résultats sont publiés dans la revue PLOS One a mis à profit des outils à la fine pointe en génomique, en bio-informatique et en intelligence artificielle afin de répertorier la diversité des variants du virus SARS-CoV-2. L’équipe a également démontré, dans cet exercice, que certains symptômes de la COVID-19 sont associés à différentes issues de la maladie.

L’arrivée du nouveau variant Omicron préoccupe la communauté scientifique et souligne le besoin urgent de mettre au point des techniques de dépistage plus rapides et moins coûteuses. Ici, l’équipe a fait appel à une combinaison de séquençage en temps-réel et d’analyse bio-informatique beaucoup plus efficace que ce qui est en place actuellement au Québec pour identifier des variants du virus qui pourraient démontrer des propriétés biologiques ou pathogènes particulières.

En mars 2020, le Québec vivait l'une de ses premières éclosions de COVID-19 à l'Hôpital de Verdun à Montréal.

«Nous avons séquencé plus de 250 échantillons positifs provenant de patients et de membres du personnel infectés dans ce foyer d’éclosion afin d'y répertorier la diversité des variants du SARS-CoV-2, inconnue à l'époque au Québec, et les associations potentielles avec les présentations cliniques de la maladie, explique Martin A. Smith, chercheur au CHU Sainte-Justine et professeur sous octroi adjoint au Département de biochimie et médecine moléculaire de l’Université de Montréal. En combinant des outils à la fine pointe en génomique et en intelligence artificielle, soit le séquençage de l'ADN par nanopores et des algorithmes d’apprentissage non supervisé, nous avons identifié plusieurs types de variants présents lors de l’éclosion et avons déterminé qu'il n'y avait pas de corrélation significative entre ceux-ci et les manifestions cliniques.»

«Le séquençage par nanopores est une technologie ultraportable, moins dispendieuse et plus rapide que le séquençage d’ADN classique. Cette technologie peut identifier l’ensemble des mutations d’un virus en moins de deux jours à un coût semblable au criblage par PCR, la stratégie communément utilisée au Québec», précise Marieke Rozendaal, co-première auteure de l’étude. 

Bastien Paré, également co-premier auteur de l’étude et postdoctorant en biochimie et médecine moléculaire à l’Université de Montréal, poursuit, «ensuite, nous avons corroboré l’association bien connue entre les comorbidités et un taux de mortalité plus élevé chez les personnes infectées par le SRAS-CoV-2. Cependant, nous avons détecté une association entre certains symptômes tels qu’un mal de tête, un mal de gorge, ou une myalgie, et un pronostic favorable. Ce qui pourrait suggérer que ces symptômes soient indicatifs d’une réponse immunitaire efficace contre le virus, bien qu’il puisse y avoir des exceptions.»

L'augmentation des variants du SRAS-CoV-2 dans le monde reste préoccupante. À ceci s’ajoute un assouplissement progressif des restrictions sanitaires et des programmes de vaccination de masse.

La COVID-19 affecte les individus selon une gamme de symptômes de gravité clinique variable. La plupart des personnes infectées développent une forme légère à modérée de la maladie et guérissent sans hospitalisation, cependant, certaines tomberont gravement malades et auront besoin de soins médicaux.

Selon Martin A Smith, «il est primordial de mettre en œuvre des protocoles de surveillance génomique rapides et peu invasifs, afin de potentiellement fournir des recommandations pour la prise en charge clinique des patients infectés, adaptées au variant identifié, et ainsi augmenter leur chance de guérison.»

À propos de l’étude

L’article «Patient health records and whole viral genomes from an early SARSCoV-2 outbreak in a Quebec hospital reveal features associated with favorable outcomes», écrit par Bastien Paré et Marieke Rozendaal, a été publié en décembre 2021 dans la revue PLOS One. L’étude a été financée par le Fonds de recherche du Québec – Santé.

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À propos du Centre de recherche du CHU Sainte-Justine

Le Centre de recherche du CHU Sainte-Justine est un établissement phare en recherche mère-enfant affilié à l’Université de Montréal. Axé sur la découverte de moyens de prévention innovants, de traitements moins intrusifs et plus rapides et d’avenues prometteuses de médecine personnalisée, il réunit plus de 210 chercheurs, dont plus de 110 chercheurs cliniciens, ainsi que 450 étudiants de cycles supérieurs et postdoctorants. Le centre est partie intégrante du Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine, le plus grand centre mère-enfant au Canada.

recherche.chusj.org

@CR_CHUSJ

Source
CHU Sainte-Justine
Renseignements

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Maude Hoffmann
Communications, Centre de recherche du CHU Sainte-Justine
maude.hoffmann.hsj@ssss.gouv.qc.ca

Personne-ressource auprès des médias :

Justine Mondoux-Turcotte
Conseillère – Relations médias et relations externes
CHU Sainte-Justine
514 213-4488
justine.mondoux.turcotte.hsj@ssss.gouv.qc.ca

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Mise à jour le 28 septembre 2022
Créée le 18 mai 2022
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