La plateforme de séquençage «Single cell» met à disposition des chercheurs des scientifiques qualifié(es) en biologie moléculaire et en bioinformatique pour un service complet allant de la production des librairies à l’analyse des données.
Une expérience de séquençage «Single cell» permet d’obtenir de l’information quantitative pour chaque cellule d’un échantillon, contrairement au séquençage des cellules en vrac qui ne fournit qu’une moyenne populationnelle. Une telle résolution donne le pouvoir d’isoler des sous-groupes cellulaires de manière non biaisée et de les caractériser en fonction d’une condition donnée et/ou des autres groupes cellulaires présents dans le microenvironnement.
Cette technologie vous permettra donc d’évaluer les différences qui existent entre chaque cellule et de découvrir la véritable hétérogénéité de vos échantillons. Ceci peut être réalisé à différents niveaux : génomique, transcriptomique, protéomique, conformation de la chromatine, ou encore en combinant génomique/transcriptomique avec la protéomique.
La plateforme de séquençage «Single cell» du Centre de recherche du CHU Ste Justine est en effet la seule au Québec à offrir la technologie multi-omic Tapestri, permettant ainsi une résolution génotypique et phénotypique de chaque cellule.
Équipement
- 10X genomics Chromium controller
- Tapestri
Services offerts
Service de consultation pour initier un projet
Principaux Services de séquençage :
- Single cell RNAseq (3’ GEX) : «Single cell» RNAseq permettant de découvrir la dynamique d’expression génique ainsi que le profilage moléculaire de sous-groupes de cellules.
- CITE-seq and Multiplexing libraries (Feature barcoding libraries : utilise les protéines de surface (et aussi les lipides dans le cas des protocoles multiplex) pour analyser l’expression des protéines à la surface de chaque cellule (CITE-seq) ou pour combiner plusieurs échantillons et réduire les coûts (Multiplexing).
- Single cell assay for transposase element (ATAC) : révèle les régions ouvertes de la chromatine sur l’ensemble du génome, pour chaque cellule.CITE-seq et ATAC-seq peuvent être combinés avec le 3’ GEX pour corréler l’ARNm à la protéine et l’état de la chromatine à l’ARNm, respectivement, permettant d’analyser la régulation de l’expression génique.
- Single Cell immune profiling (V(D)J and 5’ GEX) : permet de révéler la diversité clonale des cellules T et B, ainsi que des recombinaisons V(D)J. Si couplé avec la mesure de l’expression génique en 5’, permet une haute résolution du système immunitaire adaptatif.
- Tapestri : permet de réaliser une réelle analyse multi-omic de par la détection simultanée des SNVs, CNVs et des protéines de surface de chaque cellule.
- Service d’analyse de données : nous proposons une vaste gamme d’analyse de données donc la profondeur devra être discutée lors de la consultation.
*** Le domaine du « single cell » étant en constante et rapide évolution, la liste des services n’est pas exhaustive. Si votre projet requiert des techniques non listées, contactez-nous, cela nous donnera l’opportunité d’enrichir notre pipeline ***
Clientèle
Milieu académique et compagnies pharmaceutiques et biotechnologiques intéressés par un service de séquençage et d’analyse «single cell»
Partenaire financier
Fondation Charles Bruneau
Équipe
Responsable
Séverine Landais
severine.landais.hsj@ssss.gouv.qc.ca
Directeur scientifique
Vincent-Philippe Lavallée
vincent-philippe.lavallee@umontreal.ca
Grille tarifaire
