Le volet nanopores de la méta-plateforme de génomique intégrée a été créé dans le but de mettre la puissance du séquençage par nanopores au service de la recherche clinique au CHU Sainte-Justine.
Avec la technologie de séquençage la plus récente et performante, la plateforme peut répondre à toutes les demandes de séquençage. Nous avons de l'expérience dans des projets de séquençage impliquant divers organismes et applications, et nous pouvons contribuer à élaborer la meilleure solution génomique pour tout type d'expérience de séquençage.
Nous sommes en mesure de fournir des solutions de séquençage complètes pour diverses applications multi-omiques, en exploitant les propriétés uniques du séquençage Oxford Nanopore.
Équipement
- 1 x PromethION P24 - Séquenceur haut débit et évolutif de la technologie Oxford Nanopore
- 1x PromethION A-Series - Tour informatique haute performance
- 2x MinION - Séquenceur USB portable
- 1x MinION MK1C - séquenceur portable autonome
- 1x OpenTrons OT2 Liquid Handler – Robot de manipulation de liquides programmable avec modules magnétiques, thermiques et thermocycleurs
- 1x Agilent TapeStation 4150 – Analyseur automatique de fragments
- 1x Thermo Fisher Qubit 4 – Quantification fluorométrique de haute sensibilité
- 1x Thermo Fisher NanoDrop – Spectrophotomètre à microvolume
Services offerts
- Préparation de librairies et séquençage : génomes, méthylomes, transcriptomes ADNc, plasmides, amplicons PCR, typage HLA, librairies single-cell
- Séquençage d'ADN à ultra longues lectures : Séquençage de lectures ultra longues (N50 > 50 kb)
- Séquençage direct d'ARN : séquençage d'ARN natif pour l'identification des modifications de l'ARN, l'analyse du clivage alternatif, le profilage du transcriptome, le profilage de l'expression cellulaire unique
- Solutions de séquençage multiplex : séquençage de lots plus importants d'échantillons
- Expertise en bioinformatique : analyse et transfert de données, exécution de flux de travail prédéfinis, développement de flux de travail personnalisés.
- Consultation de projet de séquençage : détermination de la technique optimale pour les expériences de séquençage.
- Contrôle de qualité rigoureux et rendement maximal.
Note : les services de la plateforme ne devraient pas être utilisés pour établir un diagnostic clinique dans le cadre des soins de santé standards prodigués à une patiente ou un patient.
Clientèle
Les services sont offerts aux milieux académiques, ainsi qu'aux compagnies pharmaceutiques et biotechnologiques intéressées par le séquençage.
Tarif
Tarifs personnalisés pour chaque projet selon les détails de séquençage, le nombre d'échantillons, la durée du projet et l'affiliation de la chercheuse ou du chercheur (interne, académique, privé).
Contact
Nicholas Geoffrion
Responsable, volet nanopores
nicholas.geoffrion.hsj@ssss.gouv.qc.ca
Valérie Villeneuve
Chef des plateformes scientifiques
valerie.villeneuve.hsj@ssss.gouv.qc.ca
Vincent-Philippe Lavallée
Directeur scientifique
vincent-philippe.lavallee.hsj@ssss.gouv.qc.ca
*Fournisseur de services certifié par Oxford Nanopore. Nanopore.ca